MatsuLab. Lecture Note/sougouenshu2008

第1ラウンド解説 †

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日程 †

基本木曜日。月曜も15:00以降なら研究室にいるので、質問があったら来てください。

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第1回目 †

10/4

課題
渡したMPI仕様書を読んで、どういった通信関数があるか調べて簡単にまとめてくること。 主に一対一通信、集団通信の2グループに分かれるが、それぞれに多くの通信関数が提供されているので、関数の特徴をまとめてくること

ヒント
一対一通信

集団通信

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課題の進め方 †

  1. 演習室MACでプログラムを編集
  2. scpコマンドでプログラムをPrestoIIIクラスタに転送（リモートコピー）
  3. sshコマンドでPrestoIIIにログイン
  4. PrestoIII上でプログラムをコンパイル＆実行
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松岡研PCクラスタPrestoIIIの使い方 †

作業には基本的にターミナルを使用する

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PrestoIII上のデータのバックアップ方法 †

PrestoIIIへのアクセス権は今期いっぱいしか与えられないので、第1ラウンドが終わった後、忘れないうちに以下の手続きに従い各自のデータをバックアップすること。

  1. nimbus.m.gsic.titech.ac.jpにログイン 
    $ ssh USER@nimbus.m.gsic.titech.ac.jp
  2. 総合演習用データのアーカイブ（1つのファイルにまとめること） 
    $ tar zcf sougouenshu.tar.gz sougouenshu
    • このコマンドを実行することにより sougouenshu ディレクトリ以下の全部のファイルを sougouenshu.tar.gz と言う名前の1つのファイルにまとめる
  3. lsコマンドを実行し、sougouenshu.tar.gzが存在することを確認
  4. nimbus.m.gsic.titech.ac.jpからログアウト
  5. MACマシン上でscpを実行し、nimbusからアーカイブファイルをダウンロード 
    $ scp USER@nimbus.m.gsic.titech.ac.jp:sougouenshu.tar.gz .
    • MACマシンからのプログラムファイル転送とは実行方法が違うので注意
    • 最後の「.」を忘れない
  6. ダウンロードできたかどうか、lsで確認
  7. アーカイブファイルを展開 
    $ tar zxf sougouenshu.tar.gz
    • カレントディレクトリにsougouenshuと言う名のディレクトリが出来るはず
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参考文献 †

  1. MPIドキュメント集
    • 初回配布資料は、この文献の前半部分（140ページまで）
  2. TSUBAMEの構成
  3. MPIによる並列プログラミングの基礎(PDF)
    • 同志社大の先生が書かれた、非常に詳しい日本語資料
  4. スパコンコンテスト2001
    • 優勝チームのプログラムも掲載されているので、必要なら参考にして良い
  5. N体問題オンラインデモ
  6. N体問題重力ゲーム
  7. 粒子登録法
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